Кряжев Андрей Леонидович, доктор ветеринарных наук
160555, г. Вологда, п. Молочное, ул. Шмидта, 2
Kryazhev Andrey L., Doctor of Veterinary Sciences
2 Schmidta St., Molochnoe, Vologda, 160555
Новиков Артём Сергеевич, кандидат ветеринарных наук
160555, г. Вологда, п. Молочное, ул. Шмидта, 2
Novikov Artem S., Candidate of Veterinary Sciences
2 Schmidta St., Molochnoe, Vologda, 160555
Цель исследований – определение таксонов представителей рода Cryptosporidium у поросят при помощи молекулярно-генетических методик в условиях северо-запада РФ.Материалы и методы. Пробы фекалий брали у поросят разного возраста в хозяйствах различных форм собственности, отличающихся климатогеографической зоной и технологией содержания животных на территории Вологодской области. При помощи микроскопических методов исследования выявляли «положительные» пробы, в которых присутствовали представители рода Cryptosporidium, сортировали их и подвергали глубокой заморозке. Затем пробы исследовали с использованием оборудования ЦКП «Геномные технологии, протеомика и клеточная биология» ФГБНУ ВНИИСХМ». Идентификацию видов рода Cryptosporidium в пробах фекалий сельскохозяйственных животных проводили с помощью высокопроизводительного секвенирования ампликонных библиотек фрагментов гена 18S рРНК, полученных в результате проведения вложенной полимеразной цепной реакции (ПЦР).Результаты и обсуждение. Была создана система праймеров для вложенной ПЦР, амплифицирующих потенциально видоспецифичный участок гена 18S рРНК размером 393 н.о. Последовательность праймера ILL_R2_ Zheng была модифицирована с внесением вырожденных позиций с целью сделать праймер более универсальным. В результате секвенирования библиотек фрагментов гена 18S рРНК, полученных с использованием выбранных праймеров, и последующего таксономического анализа полученных нуклеотидных последовательностей, было показано, что во всех исследованных образцах присутствуют представители только одного вида Сryptosporidium scrofarum.
The purpose of the research is to determine taxa of the genus Cryptosporidium species in pigs using molecular genetic methods in the north-west of the Russian Federation.Materials and methods. Fecal samples were taken from pigs of different age groups on farms of different types of incorporation that differ in climatic and geographical zones and animal keeping technologies in the Vologda Region. Microscopic research methods identified “positive” samples in which Cryptosporidium species were present; they were sorted out and deep-frozen. Then the samples were examined using the equipment of the resource center «Genomic Technologies, Proteomics and Cell Biology» of ARRIAM. The Cryptosporidium species in the fecal samples from farm animals were identified using high-throughput sequencing of 18S rRNA gene amplicon libraries obtained by a nested polymerase chain reaction (PCR) assay.Results and discussion. A primer system was designed for the nested PCR to amplify a potentially species-specific 393 bp fragment of the 18S rRNA gene. The sequence of the ILL_R2_ Zheng primer was modified with included degenerated positions to make the primer more versatile. As a result of sequencing of the libraries of 18S rRNA gene fragments obtained with the selected primers and subsequent taxonomic analysis of the nucleotide sequences, it was shown that all the studied samples included representatives of only one species, Cryptosporidium scrofarum.
The authors declare that there are no conflicts of interest present.